A Igreja de São Benedito começou a ser construída em 1870, com recursos de festas e quermesses em louvor ao “Santo Preto”. A técnica adotada na obra foi a da taipa de pilão, conduzida por José Vicente, conhecido por “Zé Taipeiro”.
A construção chegou a ser paralisada diversas vezes, por falta de verba, até que a Igreja foi inaugurada, em 1876. Em 1933, transformou-se provisoriamente em Matriz, época em que a antiga igreja na praça João Pessoa foi demolida.
Foi tombada pelo Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico (Condephaat) em 25 de julho de 1980. Nessa mesma década, após o desmoronamento de algumas partes do prédio, firmou-se um convênio com a Prefeitura de São José dos Campos para obras de reforma. Em 1984, após a pintura da fachada, foi lançado um selo comemorativo da data de aniversário da cidade com o desenho da Igreja.
O edifício foi preservado pela Lei Municipal nº 3143/86, de 09 de junho de 1986, como Elemento de Preservação Nível 1 (EP-1).
No largo da Igreja São Benedito, ao lado da Praça Afonso Pena, a Prefeitura instalou, um “selfie point” – local onde a pessoa pode tirar sua própria foto e compartilhar nas redes sociais pela internet.
A Igreja de São Benedito fica na Praça Afonso Pena, 267 – Centro.
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